بر اساس متون و اسناد تاریخی، سرآغار روابط دو کشور ایران و لیتوانی به قرن 16 میلادی (درزمان فدراسیون واحد لیتوانی و لهستان) بر می گردد. اما برقراری روابط دیپلماتیک در شکل امروزی آن در حقیقت به سال 1930 میلادی می رسد که  عهدنامه دوستی و مودت بین دو کشور منعقد گردید . 

دوره جدید روابط جمهوری اسلامی ایران و لیتوانی به اعلام مجدد استقلال لیتوانی در 11 مارس 1990 بر می گردد که جمهوری اسلامی ایران در تاریخ 10 سپتامبر 1991 استقلال لیتوانی را به رسمیت شناخت و به موجب بیانیه مشترک معاونین وزرای خارجه دو کشور در نوامبر 1991 (13 آبان 1371) مناسبات دیپلماتیک بین دو کشور برقرار شد و سفیر جمهوری اسلامی ایران در ورشو به عنوان سفیر آکرودیته در ویلنیوس تعیین و منصوب گردید و لیتوانی نیز در سال 1384 اقدام به معرفی سفیر خود در ترکیه به عنوان سفیر آکرودیته در تهران نمود.

در حال حاضر نیز جناب آقای رامین مهمانپرست، سفیر جمهوری اسلامی ایران در لهستان، آکرودیته لیتوانی نیز می باشند و مناسبات سیاسی و رایزنی های متقابل در زمینه های مختلف سیاسی ، فرهنگی و اقتصادی بین دو کشور وجود دارد .